Mae rhaglen waith gyffredinol yr Academi Gyllid yn cael ei goruchwylio gan Fwrdd yr Academi sy'n cwrdd bob deufis. Yn ogystal â derbyn papurau camau gweithredu a diweddaru ar brosiectau penodol, mae'r Bwrdd yn derbyn Adroddiadau Crynhoi Cynnydd rheolaidd sy'n dangos cynnydd mewn perthynas â cherrig milltir allweddol ar gyfer pob maes thema, ac adroddiad diweddaru blynyddol mewn perthynas ag amcanion cyffredinol y rhaglen.
Mae gan yr Academi Gyllid dîm rhaglen pwrpasol, gan gynnwys cyfarwyddwr, arweinwyr proffesiynol, rheolwyr prosiect a chymorth prosiect. Mae'r tîm hwn yn rheoli'r rhaglen waith ar ran yr Academi, gan weithio'n agos gyda chymuned gyllid GIG Cymru a'n partneriaid ar y prosiectau penodol.
Mae Cyfarwyddwr Cyllid “Noddwr” ac “Is-Noddwr” yn arwain pob maes thema, gyda chefnogaeth Grŵp Llywio sy'n gyfrifol am ddatblygu a chyflawni rhaglen y thema. Mae trefniadau llywodraethu ac aelodaeth pob grŵp yn amrywio yn ôl yr angen, ac mae aelodau rhaglen ac aelodau enwebedig o dîm y rhaglen yn darparu cefnogaeth rheoli prosiect.
Mae'r trefniadau ar gyfer cyflawni pob un o'r prosiectau unigol ym mhob thema yn amrywio'n sylweddol. Mae rhai prosiectau'n rhychwantu cyfnodau hir neu yn ddigon mawr i gael eu hystyried yn rhaglenni eu hunain, a bydd ganddynt strwythurau llywodraethu ac ymgysylltu priodol, ac uwch arweinyddiaeth o fewn adran gyllid GIG Cymru a'n partneriaid.